В мае 2014 года Авиакомпания успешно прошла очередной надзорный аудит на соответствие требованиям международного стандарта ИСО 9001:2008. АО «Авиакомпания «Бурундайавиа» имеет сертификат № 12 100 38233 TMS от 04 мая 2013 года сертификационного органа TÜV SÜD Management Service GmbH.